Rupture d un CDDI ou arret de travail

Bonjour,
Je souhaiterais avec des retours concernant les motifs de fin de contrats dans le cas ou le candidats en contrat ne peux/veux plus continuer dans la structure d'insertion.
Le médecin du travail, préconise un arrêt de travail casi systématique mais ne propose pas de rupture d'un commun accord. Si je peux avoir un retour à savoir si la rupture d'un commun accord est privilégiée ou l'arrêt de travail.
Merci et bonne journée